Para definir una nueva matriz sólo hay que seleccionar la opción Nueva en el menú Matriz, aparecerá entonces una ventana con una matriz, a la cuál pueden agregarse o disminuirse estados (columnas / renglones) de acuerdo a las necesidades, usando las opciones del menú Estado en la ventana de la matriz. También es posible agregar o quitar decimales con las opciones del menú Decimales.

Es posible guardar los datos de la matriz en un archivo para usar los datos posteriormente, esto se hace mediante la opción Guardar del menú Archivo, o bien mediante la opción Guardar matriz en archivo del menú Archivo de la ventana de la matriz. Para cargar en la matriz los datos guardados en un archivo se usa la opción Abrir o Abrir archivo en matriz de los mismos menús.

Si se requiere también es posible copiar o pegar datos en la matriz usando el portapapeles, para esto sólo hay que seleccionar los datos a copiar y mediante el menú contextual (que aparece con un clic del botón derecho o secundario del ratón) seleccionar la opción Copiar, o bien la opción Pegar para pegar los datos del portapapeles a partir de la celda seleccionada.

Una vez definida la dimensión de la matriz pueden introducirse los valores de la misma. Puede cambiar de casilla haciendo clic sobre cada una de ellas o con la tecla [TAB].

Nota:
Una matriz estocástica tiene como características que es cuadrada, y que ya sea que la suma de los elementos de cada uno de sus renglones o columnas sea igual a 1. Cuando al llenar una matriz, la suma de los elementos de cada uno de sus renglones o de cada una de sus columnas no es 1 aparece un mensaje indicando que la matriz no es válida.

Para calcular las transiciones de la matriz T hay que seleccionar la opción Siguiente transición del menú Matriz, o bien su método abreviado Ctrl+T. Se mostrará la matriz resultado con la segunda transición, al seguir llamando el comando Siguiente transición se calcularán las siguientes transiciones. Si se desea se pueden agregar o disminuir decimales en la matriz resultado utilizando el menú Decimales de la misma ventana.

La figura 1 muestra una matriz ejemplo y su décima transición.
 
 

Una vez que se ha calculado una transición no es posible regresar a una anterior. Para ver una transición previa a la que actualmente está desplegada en la matriz resultado sólo cierre la matriz resultado y calcule nuevamente las transiciones hasta llegar a la deseada.